Klor dezenfeksiyonu uzun yıllardır kullanılan yaygın bir yöntemdir; ancak bazı dezavantajları vardır. Klor, suda yan ürünler (trihalometanlar gibi) oluşturabilir, suya tat ve koku verebilir, ayrıca yüksek dozlarda insan sağlığına zararlı olabilir.

UV dezenfeksiyonu ise şu avantajlarıyla öne çıkar:

• Kimyasal madde kullanılmaz, yan ürün oluşmaz
• Suyun tadını ve kokusunu değiştirmez
• Mikroorganizmaları klordan çok daha kısa sürede etkisiz hale getirir
• Çevreye zararlı kalıntı bırakmaz
• Daha düşük işletme maliyetlerine sahiptir

Bu nedenlerle UV sistemleri, özellikle içme suyu, gıda ve sağlık sektörlerinde klor dezenfeksiyonuna göre daha güvenilir ve tercih edilen bir çözüm haline gelmiştir.